Совсем недавно мне понадобилось сделать маленькую инсталяцию одной проги, которая так-же должна была устанавливать сервис и делать настройку режима запуска сервиса (manual/auto/disabled) по выбору пользователя . Стал вопрос как сделать так чтобы можно было выставить режим загрузки этого самого сервиса....

опать долго не пришлось. Есть такая утилита называется sc (Service Control)
SC это консольная програма, которую используют для управления диспетчером служб (theService Control Manager and services).
находится данная утилита в %SystemRoot%\system32
Пример установки автозагрузки сервиса "Messanger" и его старта:

CD /D %SystemRoot%\system32
sc.exe config Messenger start= auto
net.exe start Messenger

Вообще советую запустить данную утилиту без всяких ключей и посмотреть список комманд для нее... Найдете много интересного :)